Um modelo universal de aprendizagem profunda para o design do dedo de zinco permite a reprogramação do fator de transcrição

Título	Um modelo universal de aprendizagem profunda para o design do dedo de zinco permite a reprogramação do fator de transcrição
Autores	David M. Ichikawa, Osama Abdin, Nader Alerasool, Manjunatha Kogenaru, April L. Mueller, Han Wen, David O. Giganti, Gregory W. Goldberg, Samantha Adams, Jeffrey M. Spencer, Rozita Razavi, Satra Nim, Hong Zheng, Courtney Gionco, Finnegan T. Clark, Alexey Strokach, Timothy R. Hughes, Timothee Lionnet, Mikko Taipale, Philip M. Kim, Marcus B. Noyes
Revista	Biotecnologia da natureza
data	01/26/2023
Doi	10.1038/s41587-022-01624-4
Introdução	Os domínios de dedo de zinco Cys2His2 projetados são essenciais para a regulação programável da expressão gênica, oferecendo potencial terapêutico. No entanto, projetar esses domínios para interagir especificamente com o DNA tem sido complexo. Este estudo apresenta o ZFDesign, um modelo de aprendizagem profunda desenvolvido após a triagem de 49 bilhões de interações proteína-DNA, superando os desafios do design de dedos de zinco para qualquer alvo genômico. O ZFDesign modela com eficiência as variações globais e específicas do alvo e considera a compatibilidade dos dedos vizinhos por meio de uma arquitetura de transformador hierárquico. A versatilidade do modelo é demonstrada pela reprogramação dos fatores de transcrição para aumentar, diminuir ou testar a regulação de um único gene, um avanço significativo em relação à influência tradicional do fator de transcrição em vários genes.
Citação	David M. Ichikawa, Osama Abdin, Nader Alerasool et al. Um modelo universal de aprendizagem profunda para o design do dedo de zinco permite a reprogramação do fator de transcrição. Nat. Biotechnol. 2023. Vol. 41(8):1117-1129. DOI: 10.1038/s41587-022-01624-4
Elemento	Zinco (Zn)
Materiais	Compostos químicos
Temas	Aprendizado de máquina no design de materiais
Indústria	Pesquisa e laboratório